ức thu phí tham quan trên vịnh biển Nha Trang đã được UBND tỉnh Khánh Hòa điều chỉnh và áp dụng từ ngày 01/01/2014 sắp tới. Theo đó, đối tượng miễn phí tham quan vịnh biển Nha Trang là trẻ em dưới 6 tuổi thay vì dưới 12 tuổi như trước đây.
Du khách tham quan trên các đảo hoặc vùng lõi khu vực biển Hòn Mun có giới hạn 300m tính từ mép nước chân đảo ở mức thủy triều thấp nhất sẽ phải trả lệ phí mỗi lượt 20.000 đồng đối với người lớn, tăng hơn 50% so với trước đây và bổ sung mức thu mỗi lượt 10.000 đồng đối với trẻ em từ 6 đến dưới 16 tuổi.
Những trường hợp du khách tham gia các dịch vụ bơi lặn có thiết bị chuyên dụng trong vùng nước khu vực biển Hòn Mun sẽ phải trả phí mỗi lượt 60.000 đồng/người, tăng hơn 20.000 đồng so với trước đây. Những trường hợp người cao tuổi, khuyết tật được giảm 50% mức thu phí nêu trên. Các mức thu phí tham quan vịnh biển Nha Trang không bao gồm tiền dịch vụ sử dụng tàu đáy kính, dụng cụ bơi lặn.
Theo UBND tỉnh Khánh Hòa, ước tính tổng nguồn thu phí tham quan vịnh biển Nha Trang trong năm 2013 khoảng 1,8 tỷ đồng, sau khi mức thu phí điều chỉnh, dự kiến tổng thu trong năm 2014 sẽ đạt khoảng 3 tỷ đồng, trong đó 1,2 tỷ đồng phục vụ yêu cầu quản lý, bảo vệ môi trường vịnh biển Nha Trang nói chung và Khu bảo tồn biển Hòn Mun nói riêng.